部门预算执行审计是国家对财政资金有效监督所采取的方法，由于各个单位的具体情况不同，有各自的特点，审计的重点也就不同。 在审计中，我们要针对被审计单位的不同特点，采取不同的方式方法，开展部门预算执行审计工作。

一是以内控制度为基础，查找管理缺陷。对于职能单一，没有行政审批、行政执法和行政事业收费等职能的纯财政拨款单位，应重点从被审计单位的内控制度的可信和有效方面着手。首先是审阅被审计单位的三定方案、人员配备资料，了解内设机构及其职能，如财务部门、监察部门是否分设，会计、出纳是否分开等，检查被审计单位的内控体系是否健全；其次收集被审计单位的各项制度，审阅制度的内容是否完整合理，如决策者与执行者是否分离，财务审批是否一支笔等，检查被审计单位内控管理是否做到职责分明；第三通过凭证测试、实地测试、实验测试等方式，对业务处理程序进行符合性测试，观察测试的结果，如款项的拨付是否经过了严格的审批程序，固定资产的管理是否完善，检查内部控制制度是否真正得到了贯彻执行等。通过对内控制度的审计，从而确定被审计单位容易出现问题薄弱环节，开展针对性的审计。

二是以专项资金为线索，追查资金去向。对于部门预算多、资金使用量大的部门单位，要始终抓住资金流动这条主线，按照资金运行轨迹进行跟踪审查。首先从财政部门取得被审计单位的资金预算指标和国库拨付资料，了解被审计单位的资金项目和规模，注意审查专项资金筹集到位率及到位时间，看是否存在虚假筹集、虚假配套的问题；其次收集被审计单位项目审批文件，掌握各项资金规定的额度、用途、到位、管理等要求，要注意审查立项的真实性，看是否存在虚假立项、虚假概算、重复立项、盲目立项、选项不当等问题；第三实地调查项目实施进展情况，审查专项资金有无实际到位，是否按规定及时拨付到用款单位或项目，有无影响到项目工程进度，从而判断项目资金的实际使用情况；然后用顺查法对资金的拨付和使用，进行一项一项，一笔一笔，一步一步核对，一查到底，直到搞清楚资金的最终去向为止。特别是要重视对挂账时间较长的资金、长期未使用或分配的资金以及异常业务往来的资金流向的审查，从中可能发现截留挪用的疑点线索。

三是以收据票证为依据，查找收费漏洞。对于行政事业收费职能较强的部门单位，首先要检查单位非税收入项目的设立是否经过相关部门的审查和批准，征收范围和标准是否符合法律法规的规定，罚没是否具有明确的法律依据，是否办理了《收费许可证》和《罚没许可证》，有无超范围、超标准征收和乱收费、乱罚款的情况；其次是审查单位票据的使用情况，是否建立票据管理台账，检查票据的领用、注销和日常管理情况，票据使用是否符合要求，是否以往来结算票据收取非税收入，是否存在混用、串开、转让、出借、代开财政票据行为，重点注意发现票据存根的断号现象，确认是否存在通过收入不入账或转移、隐匿的方式将非税收入在法定账册、会计报表外私存私放的问题。

四是以银行账户为关键，查找疑点线索。对管理专项资金银行专户多的部门单位，首先要摸清被审计单位银行开户情况和账户的使用情况，重新取得开户银行盖章确认的被审计单位银行对账单，核对被查单位所有银行存款账户的银行存款账面余额与单位银行存款实有金额是否相符；其次要核对银行存款对账单上进出的大额资金，并逐步扩大到每笔收支业务，特别要注意一收一付金额相等的未达账款，如发现不正常情况，则要追查资金去向及其原因，从中发现疑点，查实转移、挪用资金等违纪违法问题。

五是以上下往来为重点，揭露幕后交易。对有些二级单位较多、行政职能较强的的部门，在部门预算执行审计中要与二级单位延伸审计相结合，不让二级机构出现“审计盲区”。首先要审查部门机构机构的职能职责划分情况，是否存在部门将行政审批职能下放，由二级机构收费，收入不上交，揭露二级机构是否存在用主管部门权，谋主管部门利，担主管部门责的现象；其次要审查上下级往来，核对其收支金额和往来余额是否一致，重点关注一些时间长而无变化的资金往来，审查是否主管部门把自己的账做得很“干净”，将资金转移到二级机构，把其违法违规行为下移。