财政专项资金是指各级政府为了扶持、发展某项事业而专门设立的，具有专门来源和专门用途的资金,是政府履行公共管理职能和公共服务职能的物质保障。对财政专项资金的管理与使用，财政法规明确规定必须“专款专用”，不得挤占挪用。但从近几年来的审计情况看，财政专项资金在管理使用中仍存在一定的问题。
一、存在的问题
一是虚报套取专款。审计发现，一些单位为了自身的利益，以各种借口“争取”资金：（1）虚拟项目从中虚报套取专款；（2）多报补贴对象和扩大补贴基数，冒领专款；（3）同一项目“多渠道、多名目”重复申报专款；（4）已完工项目多年度重复申报专款。
二是混淆挪用专款。一些单位领取到专款后，违反规定改变专款用途，将专款用于其他项目，形成资金的混淆挪用。
三是削减挤占专款。部分单位以业务费不到位、公务费不足，难以开展工作为由，擅自将专款用于招待费、职工发放奖金福利、单位购车等与专项资金无关的机关日常经费支出，形成专项资金的规模、额度被人为地削减、挤占。
四是层层截留专款。专项资金下拨后，某些主管部门以各种名义扣拨专项资金，层层截留，向下级单位拨款不及时，导致财政专项资金滞留闲置，影响资金使用效益。
五是设法回流专款。有的专项资金主管部门将资金下拨后，又以各种名义向项目单位回收或者摊派收费，间接地“回流”下拨的专款。
六是长期闲置专款。一些专项资金因各种原因被主管部门长期闲置，形成专项资金沉淀，导致资金未发挥效益。
七是违规出借专款。一些单位违规出借专款，使财政资金被非正常占用，增加财政资金调度难度，甚至形成呆账坏账，造成国有资产流失。
二、 问题产生的原因
一是部门领导专款管理意识不强。部分领导干部没有树立正确的政绩观，热衷于搞建设、上项目、出“政绩”，存在“重项目争取、轻资金管理”、“重资金分配、轻使用监管”、“重项目申报、轻后期监督”的现象。从思想上对专项资金管理和使用不重视，把专项资金视为可以随意灵活使用的机动资金，认为即使是挪用了专项资金也是为本单位的事业发展，为单位所有职工谋福利，只要没有落入个人腰包，就不算违纪。
二是财政预算安排不尽科学和严谨。由于财政财力紧张，财政预算安排经费不足，难以满足部门（单位）正常运转需要，一些单位为确保正常工作经费的运转，则在专项资金上“打主意”，以弥补资金缺口。
三是专项资金监督薄弱，处罚手段不力。专项资金涉及的部门较多、数额较大，财政、审计等监督部门力量有限，难以全面兼顾；同时相关制度中处罚手段单一笼统，多为调帐归还原资金渠道、给予一些象征性的罚款等。因此，部分单位存有侥幸心理，认为审计等机关查不过来，查不到自己，即使查到了，处罚也就是调账罚款，无碍于部门利益。
四是专项资金绩效审计应用受约束。专项资金绩效审计在真实性、合法性审查的基础上，要求评价项目实施后资金的经济性、效率性和效果性。由于当前专项资金绩效审计在审计规范、审计技术方法和人才队伍方面的缺陷，导致绩效审计应用受到一定的约束。通常，审计人员在进行财政专项资金审计时，主要看专项资金支出数，累加后与上级下达计划指标进行对比，看资金是否全部支出，全部支出即视为专项资金专款专用，没有被挤占、挪用，而忽略了该项资金的使用经济效益、社会效益和生态效益。
三、加强专项资金管理的建议
一是强化部门领导“专款专用”意识，引入领导问责制度。党政领导干部尤其是单位主要负责人，要牢固树立科学发展观和正确的政绩观，统筹处理好当前发展和长远发展的关系，正确处理好“显绩”与“潜绩”的关系，做好理财用财的文章，带头执行财经纪律，不指使下属人员挤占、挪用财政专项资金，切实做到依法行政，依法理财用财。对思想上对专项资金管理和使用不重视，明知应专款专用却还要挤占挪用的领导干部要实行问责制度，追究责任。
二是强化部门预算管理，提高预算编制的精确度。财政部门在现有财力基础上，努力增强预算安排的科学性、合理性，不断提高经费预算的保障水平，同时，根据项目建设的轻重缓急，合理分配财政资金，加强与部门的沟通，按照财力情况认真核定部门预算，依据预算定额标准，建立收支分类体系，约束财政资金的分配行为，不断提高资金使用效益。
三是建立跟踪监管机制，加大监督惩处力度。对监督检查中发现的弄虚作假、截留、挪用、挤占专项资金等违反财经法纪行为，严格按照《财政违法违纪行为处罚处分条例》给予处理、处罚。财政部门应对单位结余资金管理情况进行定期和不定期的追踪检查，单位在结余资金管理中有违规行为的，财政部门应当责成其进行纠正，并可以通过调减部门预算等方式将结余资金收回。
四是明确专项资金绩效目标，强化绩效审计力度。财政部门要对财政专项资金设立绩效目标，审计机关在进行绩效评价时，一方面要立足微观层面，以单个项目为对象，对照可行性报告或方案，看其是否确实需要，是否按期完成，是否达到预期目标；另一方面要从宏观层面，看其是否符合国家经济政策发展方向，是否有利于经济增长方式和转变，是否存在盲目投资或重复建设，是否存在政府绩效管理水平和行政能效低下问题。
