一、发票管理中存在的问题
一是收据不断侵蚀发票应用领域。主要以行政事业单位、挂靠行政事业单位的企业和行政事业单位所办的经济实体为主。往往利用到县（市）级财政局领取由省级财政厅监制的行政事业费收据收取款项，从而逃避纳税义务。挂靠行政、事业单位的企业，利用经济利益上的联系，通过其所挂靠的行政事业单位，获取从财政部门取得合法的行政事业费收据收取款项，进而逃避纳税义务。
二是制造、贩卖假发票活动异常猖獗。制造、贩卖的假发票品种齐全、种类繁多，几乎税务机关管理的所有发票在制、售者手中应有尽有，假发票的品质已经达到真、伪难分的境地。目前：制造、贩卖假发票活动已经实现制造、销售“一条龙”服务，生产实现专业化、智能化，同时建立起庞大的销售网络体系。贩卖的对象主要是为偷漏税款的企业主、个体工商户。猖獗制造、贩卖假发票活动，严重冲击着规范、合法发票的使用，税收监控手段被大大削弱。
三是销售商品或提供劳务不开发票。主要表现在：未向税务部门办理税务登记、未按规定申报纳税的个体工商户和私营企业主，为逃避纳税义务，销售商品或应税劳务时不可能开具正规发票，或开具购买的假发票；个体工商户和相当比例的私营企业普遍都不建账或做假账，税务部门只得采取“定期定额”的征收办法征收税款，对发票实行控制配售；经营者与消费者共同作弊，在销售商品或提供劳务时，不开发票的价格比开发票的价格优惠。
四是虚开增值税专用发票的现象屡禁不止。主要以各类大中型企业为主的违法者，利用增值税的进项税额、销项税额、应纳税额的账务处理程序，虚开增值税发票，借以抵扣进项税额，偷逃应纳税款。
五是对发票的重视程度不一样。税务部门对不同发票管理的手段差别很大，对增值专用发票的管理，税务部门已经建立起了以信息技术为依托，覆盖全国的、统一的、比较先进和完善的增值税发票管理系统，管理的全过程以信息化为主。而对普通发票的管理，全国各地之间、国税与地税部门之间还处于“诸侯割据”、以手工操作为主的状态。
六是不按规定开具或套开发票。相当比例的经营者不按规定开具发票，采用“头大尾小”、盗开发票、借用发票、借开发票等手段偷逃税款。有的经营者为招揽生意，迎合顾客，虚开、乱开发票，在为消费者虚报冒领、贪污公款犯罪提供方便的同时，逃避纳税义务。
七是对发票违法行为惩治不力。打击发票违法行业的职能部门配合难、相关法制建设滞后、发票管理中存在区域主义和部门主义等因素的影响，发票违法行为得不到及时、有效、彻底、从严惩处，致使发票违法行为愈演愈烈，发票违法呈现普遍性。
八是税务部门对纳税人开具出的发票比对不力。特别是对普通发票的监管还是“税务部门--发票开具单位”二元制约模式，对纳税人开具出的普通发票的审查，只限于在发票“以旧换新”时，就留存的存根联进行粗略的常识性检查，基本上放弃了对纳税人开具出的普通发票的比对，为纳税人与发票接收单位共同利用发票大肆偷逃国家税收提供方便之门。
九是电子商务给以票控税带来严峻挑战。电子商务具有的无国界性、超领土性以及数字化等特点，现行税收征管的各项制度相对落后，从而造成电子商务在税收领域税收政策、管理制度的空白。
二、加强发票管理的审计建议
一是加强发票管理的法制化建设。借鉴金融系统对金融票据管理的成功经验，统一普通发票和增值税专用发票管理管理，切实解决发票管理上的厚此薄彼带来的诸多问题；进一步修订、完善《征管法》中的发票管理规定。提高对发票违法犯罪的惩处标准，增大发票犯罪的风险成本，震慑发票违法犯罪。严格规范发票、行政事业费收据的使用范围，对利用行政事业费收据进行偷、逃税的经营者及相关单位部门给予严厉的惩罚。
二是健全发票管理的信息化系统。通过信息化管理，构建起发票监督管理制约机制，提高发票管理的质量，提高发票管理工作效率。为相关单位和个人辨别发票真伪，比对发票金额提供方便、迅捷、高效的服务，有利于及时发现发票犯罪线索。
三是最大限度提高发票应用覆盖面。通过健全发票管理法制，规定所有纳税人在销售商品、提供服务时必须按规定开具国家规定的正规发票，不得以任何理由拒开发票；通过印制多种形式的有奖发票，或定期性举办发票号码抽奖的办法，积极鼓励消费者在消费时索取发票。
四是加大对普通发票检查、比对。对使用发票的个体工商业户、不建账或建假账的私营企业、纳税信誉较差企业的税收监控重点转移到加强发票管理，特别是对其所开出的发票的比对、审查上来，再配合其它纳税评估措施提高对其税收征管水平。通过对开具普通发票的记账联、发票联、存根联之间相互对比、核对，建立起“税务部门——发票开具单位——发票接受单位”三元相互制约的高效制衡机制，努力缩小税务部门“双定”额（或纳税人纳税申报额、账面反映额）与纳税人实际生产经营额的差距，走出税务部门无法比较准确地核定纳税人应纳税额的困境，努力构建起“以票管税”的良性互动的制衡机制。
五是加大对发票违法、违章行为的打击。加强协作，克服地区间的保守主义、本位主义思想，密切与司法部门配合，长期保持着对制造、贩卖假发票犯罪活动打击的高压态势，力争遏制住假发票的“源头”。严格发票管理、使用规程，努力管好发票管理的“中间”环节，尽力规避发票违章、违法风险。加强地税、财政、工商、审计、纪检、监察等部门配合，发挥各部门职能作用，加强对接收发票单位所取得发票的审查、核对，及时发现利用发票偷逃税款、侵占国家资财线索，形成整体合力，努力管住发票使用的“尽头”。
六是大力推进发票形式创新。扩大定额发票的应用领域，以发票定额计算应纳税额，建立起“以票管税”机制。针对不同行业特点、不同纳税信用等级的纳税人，印制、发售不同最高限额的发票，降低“头大尾小”发票的风险。积极推行裁剪式发票和计算机发票，努力化解发票“头大尾小”行为。对某些难以控管的特殊性行业，由主管税务部门代开、代保管发票。
