近些年来，审计机关通过审计为改善政府投资项目管理水平，规范政府投资项目管理行为做了大量的工作。但由于受诸多主客观方面因素的影响，政府投资项目在前期论证、计划控制、施工、监理、结算付款、协调监督各个环节存在着不规范、缺位或越位等方面的问题，在一定程度上影响了政府投资的效果和效益。综合近年来的审计情况，提出如审计建议：
——健全政府投资项目决策机制，提高项目投资决策的科学化、民主化水平。政府投资项目一般要经过中介机构或专家的评估论证，重大投资项目除投资评估论证外，还应提交同级人民代表大会审议；对一些阶段性成果和情况进行公示，真正实现建设项目和资金管理的公开化、制度化和规范化。已经确定的投资决策作为对投资项目进行计划控制审批和编制概预算的依据。
——独立招投标活动。项目经论证确定后，根据投资计划编制工程预算，报计划部门审批后，由独立的招投标机构按照法定程序，对工程项目、项目监理进行招投标，来确定施工企业和监理单位等。
——明确建设主体，实行项目法人制度。经营性政府投资项目建立项目法人责任制，非经营性政府投资项目确立业务主管部门为建设主体。建设主体或项目法人作为建设单位，对项目立项进行申请，编制项目概算、预算、决算，在项目实施过程中代表政府与设计、监理、施工等单位签订合同，根据招标、合同要求及投标承诺对项目实施过程中的质量、工期、造价等进行管理和控制，对项目终身承担法律责任。
——实行资金管理权、使用权、监督权的“三权分离”，并且细化分解到各职能部门，建立政府投资项目监督与管理的平台。项目法人代表政府，在整个项目论证、建设和结算过程中，严格按照法定的程序做好把关协调和施工监督管理等具体工作，并对项目的工程质量负总责；计划部门从项目概算、预算、施工变更增减投资、总投资计划的完成情况等方面做好计划审批和计划监督；审计部门成立投资审计中心，自项目开始对涉及项目价款的概算、预算、决算、招投标文书、合同、协议、签证等进行审核把关后，报计划部门批复；财政部门做好建设资金的筹集和拨付工作。拨款时，应当由建设单位和承包商共同申请，报审计部门审核，计划部门批复后，财政部门根据计划部门的批复情况，直接拨付到单位。
——在工程实施的各个环节采取一系列的控制措施。一是项目招投标过程中，为减少不法行为的发生，“工程价款”可以不参与竞争，仅对“技术标准”进行竞争，以合理质量、合理工期、技术力量等为主要指标。二是政府投资项目实行“资金限额制”。政府根据自身财力，对项目标准、规模等进行充分论证后，让建设单位使用政府规定的定额资金，有计划地进行项目建设。三是“限额设计”，政府根据自身财力提出设计的标准和设计额度，经有关部门充分论证，由设计单位进行“限额设计”，实施过程中不予变更。四是放开政府投资项目咨询服务市场，使咨询服务行为市场化、社会化和法治化，形成公开、平等、竞争的格局。为保证资金的安全和效益，对咨询及其他中介服务机构可执行“费用事后支付制度”，与施工企业共同实行“优质优价”制度等。
——实行动态跟踪监督管理，建立项目后评价制度。重点在预算、招投标、隐蔽或变更签证、决算、结算、支付款项等关键环节进行全程跟踪监督，使问题防患于未然。对已建成的政府投资项目都要进行事后评价，发现问题要执行责任追究制度。通过项目后评价，及时总结经验教训，进一步提高政府投资管理水平和资金效益。
